Se registraron 212 familias y 3,501 especies; las familias con más especies fueron las de las leguminosas (342), seguidas por las orquídeas (295), las compuestas (214), las gramíneas (195) y las rubiáceas (139; Ochoa-Gaona et al. 2018). Éste número de especies vegetales proporciona un panorama de la gran diversidad y riqueza florística de plantas acuáticas y ribereñas en la cuenca del río Usumacinta. Al seleccionar las plantas estrictamente acuáticas y subacuáticas, se registraron 36 familias y 148 especies números lo cual confirman la importancia de la cuenca Usumacinta cuando hablamos flora estricta acuática y subacuática, a la que hay que agregar las especies riparias que conforman diferentes comunidades vegetales.
Los bordes del río Usumacinta están muy antropizados y deforestados. En los sitios con poblados crecen especies arbóreas de aprovechamiento humano, tanto nativas como introducidas. Sin embargo, se logran diferenciar comunidades definidas ya sea en las lagunas o a lo largo del río Usumacinta como es el caso de los matorrales inermes de muco (
Dalbergia brownei,
D.
glabra)
\citep{santiago2005}. Las especies arbóreas con mayores registros son típicas de bosques de galería que forman comunidades vegetales, tales como:
Bucida buceras (pucté),
Inga vera (jinicuil),
Haematoxylum campechianum (tinto),
Pithecellobium lanceolatum (tucuy) y
Salix humboldtiana (sauce) que conforman machones fragmentados a lo largo del borde del río Usumacinta, San Pedro y Palizada
\citep{e1963} \cite{santiago2005}. En el borde de la cuenca baja dominan los manglares con
Rhizophora mangle (mangle rojo) como especie dominante, variablemente asociado con
Laguncularia racemosa (mangle blanco),
Avicennia germinans (mangle prieto) y
Conocarpus erectus (botoncillo)
(Rzedowski 2006).